Со времени событий, описанных в фильме «Идентификация Борна», прошло почти три года. Джейсон Борн со своей подругой из первого фильма Марией живут в штате Гоа в Индии. Борна преследуют воспоминания об убийстве в берлинском отеле.
Тем временем в Берлине проходит операция ЦРУ. Памела Лэнди хочет получить за 3 миллиона долларов так называемые «файлы Неского» — документы, которые должны пролить свет на кражу 20 миллионов долларов из ЦРУ, совершенную несколькими годами ранее. В прошлом российский политик Владимир Неский должен был объявить похитителя денег, но был убит женой в берлинском отеле. Текущая операция также проваливается: киллер Кирилл, отключив электричество в отеле, убивает агента и «купца» и похищает документы с деньгами, чтобы передать их русскому олигарху Юрию Греткову, на которого он работает. При этом на взрывном устройстве, повредившем силовой кабель, он специально оставляет отпечатки пальцев Борна